Amira

Allgemeines

Amira ist ein modulares Softwarepaket für die Visualisierung und Auswertung wissenschaftlicher Daten. Aus einzelnen Software-Bausteinen stellt sich dabei der Anwender in einer graphischen Bedienoberfläche oder per Skript seine Applikation zusammen, die der Darstellung, Analyse und Bearbeitung seiner Daten dient. Der Schwerpunkt liegt dabei auf Anwendungen aus den Life Sciences und der Medizin, die Software kann aber auch in anderen Fachgebieten eingesetzt werden, da Amira ein breites Repertoire an grundlegenden Visualisierungstechniken enthält.

Hier eine Auswahl an Funktionen, die Amira bietet:

• Einlesen von einzelnen Bildern und Bildstapeln
• Unterstützung bei der Bildregistrierung und Bildbearbeitung in 2D und 3D
• Hilfen zur Modell-Rekonstruktion aus 3D-Bilddaten (Serienschnittrekonstruktion) mit Erzeugung von Dreiecks-Oberflächen oder Tetraeder-Gittern
• Oberflächen-Rekonstruktion aus Messpunkten
• Volumenvisualisierung
• Segmentierungseditor
• Filamenteditor
• Skeletonization
• Allgemeine Visualisierungs-Techniken für Polygone, Volumendaten, Strömungen usw.
• Koppelung mit Matlab für Berechnungen
• Virtual Reality - Darstellung von Modellen
• Kontrolle von Applikationen durch eine Scriptsprache
• Erweiterbarkeit durch C++-Programmierung

Zugang zu Amira

Das LRZ verfügt über eine Floating-Lizenz von Amira. Außerdem kann im V2C des LRZ die Option XScreen dazu genutzt werden, Amira-Applikationen in einer Virtual-Reality-Umgebung darzustellen, allerdings nur mit einer älteren Version von Amira.

Amira ist nur auf einem System mit Graphikkarte sinnvoll zu verwenden, daher sollte es auf den Remote-Visualisierungssystemen des LRZ aufgerufen werden. Über Remote Visualisierung im LRZ informiert man sich am besten über https://doku.lrz.de/display/PUBLIC/Remote+Visualisation

Arbeiten mit Amira

Erfolgreiches Arbeiten mit Amira erfordert dringend eine Einarbeitung. Als Informationsquelle kann dazu gut das Kapitel "Getting Started" und die nachfolgenden Tutorials im Amira Users's Guide dienen (siehe Abschnitt "Dokumentation"). Man findet darin auch Hinweise zum Import von Daten.

Videos zum Einarbeiten vom Hersteller gibt's hier:  Thermo Fisher Scientific Learning Center

Dokumentation

Die Amira-Dokumentation kann man in einer Sitzung über das Menü "Help" aufrufen. Die Manuale und weitere Informationen kann man aber auch über die Webseite des Herstellers herunterladen  (Amira-Seite von Thermo Fisher Scientific). Leider ist der umfangreiche  (50 MB!) User's Guide nicht direkt auf dieser Seite verlinkt, aber man kann oben auf der Seite eine Suchanfrage starten (als Bereich bitte  "All Documents & Support" einstellen und Stichwort "Amira" angeben), dann erhält man eine Liste der Manuale für verschiedene Versionen  (hier die Ausgabe vom 12.10.2021: Liste von Amira-Manualen). Wer nur nachlesen möchte, belegt auf diese Weise keine Lizenz.

Betreuung

Mit Fragen und Problemen zu Amira wenden Sie sich bitte an Jutta Dreer (Dreer_AT_lrz_PUNKT_de) oder beschreiben Sie Ihr Problem über das Servicedesk des LRZ unter https://servicedesk.lrz.de/de.